福田保护区中红树林的面积约80公顷，具有丰富的生物多样性，有高等植物250种，其中红树植物9科16种，本地自然生长的红树植物7种。红树林保护区也是重要的鸟类栖息地，共有鸟类约200种，其中23种为国家重点保护鸟类，其中全球极度濒危鸟类黑脸琵鹭在此处的数量，约占全球总量的13%。每年都有近十万只长途迁徙的候鸟在深圳湾停歇，是东半球国际候鸟南北迁徙通道上重要的“中转站”、“停歇地”和“加油站”。